Az intézményi várólistát az adott ellátást nyújtó egészségügyi szolgáltatónál működő Nemzeti Transzplantációs Várólista Bizottság vezeti. Az intézményi várólista a beteg személyazonosító és az ellátás szempontjából lényeges egészségügyi adatait, a várólistára történő felkerülés indokait tartalmazza. A várólista az egészségügyi dokumentáció részét képezi, azonban a betegek az egészségügyi dokumentáció megismeréséhez fűződő joguk gyakorlása során csak saját adataikat tekintheti meg  . 

A transzplantációs várólistához hasonlóan, az intézményi várólistára kerülést is - a beteg megfelelő tájékoztatáson alapuló beleegyezése után - a beteg kezelőorvosa kezdeményezi  . Az intézményi várólistán szereplő betegeket az ellátás szakmai indokoltsága, várható eredménye alapján kialakított sorrend szerint kell ellátásban részesíteni. Amennyiben a betegek között szakmai szempontok alapján nem lehet különbséget tenni, őket a várólistára való felkerülésük sorrendjében kell ellátni.