A szervdonor és a recipiens szövettípusának egyeztetése elengedhetetlen, hiszen az immunrendszer normális esetben megtámadja az idegen (átültetett) szöveteket. A reakciót kilökődésnek nevezik. A szöveti egyezést azonban más, a transzplantáció minőségét befolyásoló tényezőkkel is összhangba kell hozni (pl. az az idő, amely alatt a szerv a recipienshez ér). Egyesek állapota túlságosan súlyos ahhoz, hogy tökéletesen egyező donorra várjanak. Olyan szervek esetében (pl. szív), amelyet élő családtag nem ajánlhat fel, jó egyezést mutató donor igen ritkán adódik. Az immunszuppresszív szerek adása javítja a transzplantáció sikerét, és csökkenti a szöveti egyezés jelentőségét. Következésképp kevésbé egyező donort választhatunk olyan esetben is, amelyben az átültetendő szervek (pl. a vese) jó egyezésű élő családtagokból is származhatnának. Mindezek ellenére igyekeznek olyan donort találni, akinek szöveti típusa a lehető legnagyobb mértékben egyezik a befogadó személyével. A nagyfokú egyezés csökkenti a kilökődés veszélyét, és javítja a recipiens hosszú távú életkilátásait.

A szövettípust a test minden sejtjének felszínén jelen lévő molekulák határozzák meg. E molekulákat humán leukocita antigéneknek (HLA), vagy fő hisztokompatibilitási komplexnek (MHC) nevezzük. Minden ember egyedi HLA molekulákkal rendelkezik. Szervátültetés alkalmával a transzplantált szerv sejtjein lévő HLA molekulákat a recipiens (befogadó személy) szervezete idegenként ismeri fel, amely immunválaszt indít el.

Vérátömlesztés (transzfúzió) esetében az egyezés kérdése elég egyszerű, mivel a vörösvérsejtek felszínén csak három fontos antigén található (A, B és Rh). A szervtranszplantációban sokkal több antigén érintett.

A recipiens vérét megvizsgálják, hogy rendelkezik-e antitestekkel a lehetséges donor szövetei ellen. A szervezet ilyen antitesteket vérátömlesztést, korábbi transzplantációt vagy terhességet követően termel. Ha donor HLA ellenes antitesteket találnak, akkor általában nem végzik el a transzplantációt, mert gyakran azonnali, heves kilökődés várható.

Az átömlesztett vérrel ellentétben a transzplantált szervek nagyfokú szöveti típus egyezés esetén is gyakran kilökődnek, feltéve ha nem alkalmaznak kilökődést gátló kezelést. A kilökődés nem csak az átültetett szervet károsítja, hanem lázat, hidegrázást, émelygést, fáradékonyságot és hirtelen vérnyomás változásokat okozhat. A kilökődés általában röviddel az átültetést követően kezdődik, de jelentkezhet hetekkel, hónapokkal, sőt évekkel később is. Lehet enyhe lefolyású, jól kezelhető, vagy súlyos, mely a kezelés ellenére is romlik.

A kilökődés általában jól uralható az immunrendszert gyengítő, azaz a szervezetnek az idegen anyagokat felismerő és elpusztító képességét gátló, ún. immunszuppresszív gyógyszerekkel. E gyógyszerek nagymértékben növelik a transzplantáció sikerét. Bár az immunszuppreszív szereket a kilökődési reakció megakadályozására használjuk, hatásuk az immunrendszer egyéb funkcióit is gyengíti: megnehezül a fertőzések leküzdése, és a daganatos sejtek elpusztítása. Ezért a transzplantáción átesettek fogékonyabbak a fertőzésekre és egyes daganatos betegségek kialakulására.

A kilökődés megelőzésére vagy kezelésére különböző immunszuppresszív szereket használnak. E szerek többsége, így a kortikoszteroidok is, az immunrendszer egészét gátolja. Az antilimfocita globulin, antitimocita globulin és a monoklonális antitestek viszont csak bizonyos immunfunkciókat gyengítenek.

Az immunszuppresszív szereket tartósan kell szedni. Nagy dózisok azonban csak a transzplantációt követő első néhány hétben, vagy a kilökődési epizód alatt szükségesek. Később általában kisebb adagokkal is megelőzhető a kilökődés. A kilökődés első tüneteinek jelentkezésekor megemelik az immunszuppresszáns adagját, más szert vagy kombinált immunszuppresszív kezelést alkalmaznak.

Az immunrendszer gyengítésére egyes esetekben az átültetett szervet és a környező szöveteket besugarazzák. Leukémiás betegekben csontvelő-transzplantáció előtt teljes testbesugárzást végeznek a daganatos sejteket termelő csontvelő elpusztítására. Az öszszes nyirokcsomót érintő besugárzás (teljes limfoid besugárzás) az immunrendszert gyengítő biztonságos és hatékony módszernek tűnik, de a kezelés hatását még tanulmányozzák.