A hipolipoproteinémia a vérben levő lipidek kórosan alacsony szintje.
Az alacsony lipidszint ritkán okoz problémát, viszont más betegség jele lehet. Például az alacsony koleszterinszint pajzsmirigy-túlműködésre (hipertiroeózisra), vérszegénységre (anémiára), alultápláltságra (malnutricióra), rákra (karcinómára) vagy az emésztőrendszer felszívóképességének csökkenésére (malabszorpcióra) utalhat. Ezért, ha a teljes koleszterinszint kevesebb, mint 120 mg/dl (3,1 mmol/l), ilyenkor e betegségek kizárására további vizsgálatok szükségesek. Néhány ritka, öröklődő betegség, például az abeta-lipoproteinémia és a hipoalfa-lipoproteinémia, okozhat súlyos következményekkel járó lipidszint csökkenést.
A ritka abeta-lipoproteinémiában nincs LDL-koleszterin, a szervezet képtelen kilomikronokat előállítani. Ennek eredményeként a zsír és a zsírban oldódó vitaminok felszívása nagymértékben korlátozódik. A bélsár többlet zsírt tartalmaz (az állapotot zsírszéknek nevezzük). A vörösvérsejtek alakja kóros. A retina degenerálódik, ami pedig vaksághoz vezet (az állapot hasonló a retinitisz pigmentózához). A központi idegrendszer is károsodhat, ekkor a koordinációs képesség romlik (ataxia). A betegség ugyan nem gyógyítható, nagy dózisú E-vitaminnal azonban késleltethető, vagy lelassítható a központi idegrendszer károsodása.
A hipobeta-lipoprotenémiában az LDL-koleszterin szintje nagyon alacsony. Általában nincsenek tünetek és az állapot kezelést sem igényel. A betegség legsúlyosabb formájában szinte egyáltalán nincs LDL-koleszterin. A tünetek az abeta-lipoproteinémiához hasonlóak.
A hipoalfa-lipoprotenémiában a HDL-koleszterin szintje alacsony. Az alacsony
HDL-koleszterinszint többnyire öröklött. Az elhízás, a fizikai aktivitás hiánya, a
dohányzás, a cukorbetegség vagy egyes vesebetegségek (pl. nefrózis szindróma)
játszhatnak közre az alacsony HDL-koleszterinszint kialakulásában. Az alacsony
HDL-koleszterinszint növeli az érelmeszesedés kockázatát. 
Ezért az életstílus változtatásával meg kell szüntetni a HDL-koleszterinszint
csökkenéséért felelős állapotot. Ez általában a testsúlycsökkentést, a fizikai aktivitás
növelését és a dohányzás abbahagyását jelenti. Néhány lipidcsökkentő szer növeli a
HDL-koleszterinszintet, ezek alkalmazása hasznos lehet azokban a betegekben, akiknek az
LDL-koleszterin- vagy a trigliceridszintje magas.
