Biológiai hadviselés alatt kórokozóknak háborús célra való felhasználását értjük. Az ilyen jellegű felhasználást tiltja a nemzetközi jog, és erre szabályszerű hadviselés során csakugyan elég ritkán került sor az újkori történelemben, annak ellenére, hogy a XX. században a legtöbb nagyhatalom rendkívüli készleteket halmozott fel biológiai ágensekből. A NATO kötelékébe tartozó országok mára kivonták biológiai fegyvereiket. Más nemzetekről feltételezhető (többek között Irakról, Iránról és Észak Koreáról), hogy rendelkeznek ilyen fegyverekkel. Szakértők több ok - köztük a bizonytalan katonai hatékonyság és a megtorlástól való félelem - miatt valószínűtlennek tartják biológiai fegyverek bevetését nyílt összecsapásban. Egyesek szerint azonban e kórokozók terroristák számára lehetnek tökéletes fegyverek. Észrevétlenül szétszórhatok, és kései hatásuknak köszönhetően a tettes könnyen kereket old.
A szóbajövő kórképek közé soroljuk a lépfenét (antrax), a toxin-ja miatt veszélyes botulizmust, a máltai lázat (brucellózis), az agyvelőgyulladást (enkefalitisz) okozó vírusokat, a hemorrágiás (vérzéses) lázat okozó Ebola és Marburg vírusokat, a pestist és a nyúlpestist (tularémia), és a feketehimlőt. E betegségek mindegyike végzetes lehet, és a lép-fene és a botulizmus toxin kivételével emberről emberre terjed. Az antrax spóráit viszonylag könnyű előállítani, és a legtöbb kórokozóval ellentétben, a levegőben lehet szétszórni, így repülőgépről is. Elvileg a lépfene baktérium 1 kilogrammja 10.000 ember megölésére alkalmas, a valóságban azonban a halálesetek száma ennek csak töredéke lenne, mivel a spórákat megfelelően finom por alakjában előállítani csak jelentős technikai nehézség árán lehet.
Mindezek elméleti okoskodások maradtak mindaddig, amíg 2001-ben az egyetlen sikeres, terrorista célú lépfene-bevetésre került sor, és a számos fertőzött levél, melyeket az Egyesült Államok több pontján, különböző létesítményekbe küldtek, csupán maroknyi halálesetet ill. súlyos fertőzést eredményezett. A fertőzést ennél jóval többen kapták meg, de nem alakult ki náluk a betegség, feltehetően a ciprofloxacin nevű antibiotikum kiterjedt használatának köszönhetően. Mindemellett rendkívüli volt a lakosság aggodalma, amit önmagában sikerként könyvelhet el a terv mögött álló terrorszervezet.
A valós fertőzéseknél lényegesen több hamis fenyegetés lát napvilágot a lépfenével kapcsolatban. Az 1999-es esztendőben az FBI-hoz átlagosan naponta futott be egy hamis jelentés, állítólagos antrax bevetésről. Az ilyen hamis jelentések, szándékos félrevezetések vagy ártalmatlan anyagot lépfene-spórának vélő téves bejelentések érthetően megszaporodtak a 2001 -es antrax támadást követően.
Az Egyesült Államokban még egy alkalommal vetett be terrorszervezet sikeresen biológiai fegyvert. 1984-ben 751 személy betegedett meg hasmenésben, melyet egy Oregon állambeli salátabárban szándékosan elkövetett Salmonella-fertőzés okozott. A kórokozókat az ételbe egy vallási felekezet tagjai csempészték, akik meg akarták másítani a helyi választások eredményét. Senki sem halt meg.
A bioterrorizmus elleni védekezésnek többféle módja van: az elhárítás feltartóztathatja a terroristákat, mielőtt azok a fegyvert bevetnék; korai észlelés; védő hatású antibiotikumok; védőoltás bizonyos embercsoportoknak (pl. katonáknak).
